Bộ Quốc phòng gồm có lục quân, hải quân, không quân và thuỷ quân lục chiến cũng như các cơ quan không chiến đấu như Cơ quan An ninh quốc gia và Cơ quan Tình báo Quốc phòng. Ngân sách hàng năm của bộ là khoảng 786 tỉ đô la năm 2007.[2] Con số này không bao gồm thêm hàng chục tỷ đô la chi tiêu phụ mà Quốc hội Hoa Kỳ dành cho bộ suốt năm, đặc biệt là cho Chiến tranh Iraq. Nó cũng không bao gồm số tiền chi tiêu của Bộ Năng lượng Hoa Kỳ sử dụng vào việc thiết kế và thử nghiệm vũ khi hạt nhân.

Phía dân sự kiểm soát bộ về các vấn đề hơn là về các chiến dịch và được thực hiện qua ba bộ dưới quyền là Bộ Lục quân Hoa Kỳ, Bộ Hải quân Hoa Kỳ (bao gồm quân chủng Thuỷ quân Lục chiến Hoa Kỳ) và Bộ Không quân Hoa Kỳ. Mỗi bộ có một bộ trưởng riêng dưới cấp nội các.

Trong thời chiến, Bộ Quốc phòng Hoa Kỳ có quyền đối với Tuần duyên Hoa Kỳ; trong thời bình, lực lượng Tuần duyên nằm dưới quyền của Bộ Nội an Hoa Kỳ. Trước khi Bộ Nội an được thành lập, Tuần duyên Hoa Kỳ nằm dưới quyền của Bộ Giao thông Hoa Kỳ và trước kia nằm dưới quyền của Bộ Ngân khố Hoa Kỳ. Theo Bộ luật Hoa Kỳ, Tuần duyên Hoa Kỳ luôn luôn được xem là một trong năm quân chủng của Hoa Kỳ và là một trong 7 lực lượng đồng phục của Hoa Kỳ. Trong thời gian tuyên chiến (hay dưới quyền hướng dẫn của Quốc hội Hoa Kỳ), Tuần duyên Hoa Kỳ hoạt động như là một bộ phận của Hải quân Hoa Kỳ. Quân chủng này chưa từng nằm dưới quyền của Hải quân Hoa Kỳ kể từ Chiến tranh thế giới thứ hai nhưng các thành viên đã từng phục vụ trong những cuộc xung đột không tuyên chiến kể từ đó trong khi vẫn nằm trong bộ thời bình của nó.

Ngũ Giác Đài nằm trong Quận Arlington, Virginia, phía bên kia Sông Potomac từ thủ đô Washington, D.C., là tổng hành dinh của Bộ Quốc phòng. Bộ Quốc phòng được Cơ quan Bảo vệ Lực lượng Ngũ Giác Đài bảo vệ. Cơ quan này đảm trách an ninh và thi hành luật pháp để bảo vệ Ngũ Giác Đài và các cơ quan nằm trong thẩm quyền của Bộ Quốc phòng khắp Vùng Thủ đô Quốc gia (National Capital Region).

Cơ cấu chỉ huy

Tổng thống Hoa Kỳ là tổng tư lệnh Quân đội Hoa Kỳ mặc dù tổng thống là một người thuộc giới dân sự, không phải thuộc giới quân sự. Cơ cấu chỉ huy của Bộ Quốc phòng được định nghĩa theo Đạo luật Goldwater-Nichols 1986 (PL 99-433), và được Tổng thống Ronald Reagan ký thành luật vào ngày 1 tháng 10 năm 1986. Đạo luật tu chính lại cơ cấu chỉ huy quân đội Hoa Kỳ, tạo nhiều thay đổi nhanh nhất đối với bộ kể từ khi nó được thành lập theo Đạo luật An ninh Quốc gia 1947.Theo đạo luật, hệ thống chỉ huy bắt đầu từ Tổng thống Hoa Kỳ qua Bộ trưởng Quốc phòng Hoa Kỳ đến các tư lệnh của các Bộ Tư lệnh tác chiến thống nhất - các vị tư lệnh này là những người chỉ huy tất cả các lực lượng quân sự hỗn hợp trong vùng trách nhiệm của mình. Tổng Tham mưu trưởng Liên quân Hoa Kỳ (Chairman of the Joint Chiefs of Staff) và các Tham mưu trưởng chịu trách nhiệm sẵn sàng cho quân đội Hoa Kỳ và phục vụ như những cố vấn quân sự cho tổng thống nhưng không nằm trong hệ thống chỉ huy. Theo luật định thì Tổng Tham mưu trưởng Liên quân Hoa Kỳ là viên chức quân sự cao cấp nhất tại Hoa Kỳ. Mỗi quân chủng có trách nhiệm tổ chức, huấn luyện và trang bị các đơn vị quân sự cho các tư lệnh của các Bộ Tư lệnh tác chiến thống nhất.

Sơ đồ tổ chức chỉ huy quân sự quốc gia

Thành phần

• Bộ trưởng Quốc phòng Hoa Kỳ
• Phó Bộ trưởng Quốc phòng Hoa Kỳ
  • Văn phòng Bộ trưởng Quốc phòng
    • Ủy ban Cố vấn Ban Chính sách Quốc phòng (Defense Policy Board Advisory Committee)
    • Văn phòng Lượng định Tình hình Thực tế (Office of Net Assessment)
    • Cơ quan Bảo vệ Lực lượng Lầu Năm Góc (Pentagon Force Protection Agency)
    • Văn phòng Tư vấn Tổng quát (Office of General Counsel)
      • Cơ quan đặc trách Pháp luật Quốc phòng (Defense Legal Services Agency)
    • Văn phòng Tổng thanh tra (Office of Inspector General)
      • Sở Điều tra Tội phạm Quốc phòng (Defense Criminal Investigative Service)
  • Thứ trưởng Quốc phòng đặc trách Tình báo (Under Secretary of Defense for Intelligence)
    • Cơ quan Tình báo Quốc phòng (DIA)
    • Sở An ninh Quốc phòng (Defense Security Service)
    • Cơ quan Phản gián (Counterintelligence Field Activity)
    • Cơ quan Tình báo Địa-không gian Quốc gia (NGA)
    • Cơ quan Trinh sát Quốc gia (NRO)
    • Cơ quan An ninh Quốc gia (NSA)
  • Thứ trưởng Quốc phòng đặc trách Chính sách
    • Cơ quan Hợp tác An ninh Quốc phòng (Defense Security Cooperation Agency)
    • Văn phòng Quốc phòng đặc trách Tù binh và Nhân sự Mất tích (Defense Prisoner of War/Missing Personnel Office)
  • Thứ trưởng Quốc phòng đặc trách Quân dụng, Kỹ thuật và Hậu cần (Under Secretary of Defense for Acquisition, Technology and Logistics)
    • Trung tâm Thông tin Kỹ thuật Quốc phòng (Defense Technical Information Center)
    • Cơ quan Chỉ đạo các Dự án Nghiên cứu Quốc phòng Tiên tiến (Defense Advanced Research Projects Agency)
    • Cơ quan Quốc phòng chống Tên lửa (Missile Defense Agency)
    • Cơ quan Quản lý Hợp đồng Quốc phòng (Defense Contract Management Agency)
    • Cơ quan Hậu cần Quốc phòng (Defense Logistics Agency)
    • Cơ quan Giảm thiểu Đe dọa Quốc phòng (Defense Threat Reduction Agency)
    • Văn phòng Điều chỉnh Kinh tế (Office of Economic Adjustment)
    • Đại học Quân dụng Quốc phòng (Defense Acquisition University)
    • Cơ quan Chuyển hóa Công việc (Business Transformation Agency)
    • Ban điều hành Định lượng và Thử nghiệm Hoạt động (Operational Test and Evaluation Directorate)
  • Thứ trưởng Quốc phòng đặc trách Nhân sự và Sẵn sàng
    • Cơ quan Quân nhu Quốc phòng (Defense Commissary Agency)
    • Hệ thống trường dành cho con quân nhân quốc phòng (Department of Defense Dependents Schools)
    • Đại học Y khoa Quân đội (Uniformed Services University of the Health Sciences)
    • Viện Quản lý Cơ hội Bình đẳng Quốc phòng (Defense Equal Opportunity Management Institute)
    • Văn phòng Giám đốc Giáo dục và Phát triển Nghiệp vụ (Office of the Chancellor for Education and Professional Development)
  • Thứ trưởng Tài chính Quốc phòng (Under Secretary of Defense Comptroller)
    • Cơ quan Kiểm toán Hợp đồng Quốc phòng (Defense Contract Audit Agency)
    • Sở Hạch toán và Tài chính Quốc phòng (Defense Finance and Accounting Service)
  • Giám đốc, Định lượng và Phân tích Kế hoạch (Director, Program Analysis and Evaluation)
  • Phụ tá Bộ trưởng Quốc phòng đặc trách Hợp nhất Thông tin và Hệ thống mạng
    • Cơ quan đặc trách Hệ thống Thống tin Quốc phòng (Defense Information Systems Agency)
  • Phụ tá Bộ trưởng Quốc phòng đặc trách Quan hệ Công chúng
    • Phó phụ tá Bộ trướng, liên lạc nội bộ
  • Phục vụ Tổng hành dinh Washington
  • Văn phòng Phụ tá Bộ trưởng Quốc phòng đặc trách Y tế (Office of the Assistant Secretary of Defense for Health Affairs)
    • Hệ thống Y tế Quân đội[3]
• Các bộ quân sự
  • Bộ trưởng Lục quân Hoa Kỳ
    • Bộ Lục quân Hoa Kỳ gồm có Lục quân Hoa Kỳ và Công binh Lục quân Hoa Kỳ
  • Bộ trưởng Hải quân Hoa Kỳ
    • Bộ Hải quân Hoa Kỳ bao gồm Hải quân Hoa Kỳ và Thủy quân Lục chiến Hoa Kỳ
  • Bộ trưởng Không quân Hoa Kỳ
    • Bộ Không quân Hoa Kỳ bao gồm Không quân Hoa Kỳ
• Bộ tổng tham mưu Liên quân Hoa Kỳ

Các Bộ Tư lệnh tác chiến thống nhất

Có 10 Bộ Tư lệnh tác chiến thống nhất; sáu Bộ Tư lệnh vùng và bốn Bộ Tư lệnh chức năng. Bộ Tư lệnh châu Phi trở thành hiện dịch bắt đầu vào tháng 10 năm 2007.

Năm 2007, một Bộ Tư lệnh mới đặc trách vùng địa lý châu Phi được thành lập. Điều này mang đến thay đổi lớn đối với các vùng trách nhiệm cho các Bộ Tư lệnh vùng địa lý lân cận như được biểu thị trong hình.